Celem działania europejskiej sieci obszarów chronionych Natura 2000 jest powstrzymanie wymierania zagrożonych roślin i zwierząt oraz ochrona różnorodności biologicznej na terenie Europy. Do wdrożenia sieci zobowiązane są wszystkie kraje Wspólnoty.

Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,

• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.

Obszary Natura 2000 stanowią 40 proc. gruntów w zarządzie Lasów Państwowych, zajmują ponad 2,8 mln ha

Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju.

Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenie naszego nadleśnictwa wyznaczone są trzy obszary  „Natura 2000", podane wielkości dotyczą terenów położonych na terenie Nadleśnictwa Orneta.

Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO) Natura 2000 „Ostoja warmińska"

Powierzchna  1 878.24 ha

Obszar położony jest północnej części woj. warmińsko-mazurskiego i ciągnie się pasem długości około 115 km i szerokości 10-20 km wzdłuż granicy państwowej z obwodem kaliningradzkim federacji Rosyjskiej. Na wschodzie obszar sięga jeziora Oświn, na zachodzie zaś – doliny rzeki Gołubej, dopływu Banówki.  Środkowa i wschodnia część obszaru leży na nizinie staropruskiej. Zachodnia część obszaru jest położona już na terenie Pobrzeża Gdańskiego i obejmuje fragment mezoregionu Nizina Warmińska.

Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO) Natura 2000 „Dolina Pasłęki"

Powierzchnia  1 651.26 ha

Ostoja ta obejmuje cały obszar rezerwatu przyrody „Ostoja bobrów na rzece Pasłęce" i grunty przylegające. Głównymi typami siedlisk są tu: pola uprawne, pastwiska i łąki kośne o ekstensywnym sposobie gospodarowania, lasy mieszane łęgi wierzbowe, olszowe i jesionowe, łegowe lasy dębowe oraz starorzecza.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 „Rzeka Pasłęka"

Powierzchnia 1078,68 ha

Rzeka Pasłęka płynie na pograniczu Pojezierza Mazurskiego oraz we wschodniej części Pobrzeża Gdańskiego o długości 211 km, w tym odcinek rezerwatu Ostoja bobrów na rzece Pasłęce - 209 km.  źródła Pasłęki znajdują się na terenie Pojezierza Olsztyńskiego pod Gryźlinami na północ od Olsztynka, na wysokości 157 m n.p.m.. Pasłęka wpływa do Zalewu Wiślanego koło Nowej Pasłęki. Największe dopływy Pasłęki to: Giłwa, Morąg, Wałsza i Drwęca Warmińska.  Znaczna część rzeki, od Gryźlin do Braniewa na powierzchni 4249,20 ha jest objęta ochroną rezerwatową ze względu na występujące tu bobry.Dolina jest tu generalnie wąska i wcięta, na niektórych odcinkach rzeka ma charakter podgórski. Poniżej Pasłęki rozszerza się. Najczęściej niezalesione zbocza, wznoszą się tutaj łagodnie, a płaskie dno doliny osiągające szerokość 300-1000 m pokrywają głównie nieużytki, rzadziej łąki kośne i pastwiska. W skład ostoi wchodzi również rzeka Wałsza, która jest jednym z głównych dopływów rzeki Pasłęki, o dużych walorach przyrodniczych, także zasiedlona przez bobra.